Kabupaten Pamekasan terletak di tengah Pulau Madura, Jawa Timur dengan batas wilayah:

• Utara: Laut Jawa
• Selatan: Selat Madura
• Timur: Kabupaten Sumenep
• Barat: Kabupaten Sampang

Secara administratif Kabupaten Pamekasan terbagi menjadi 13 kecamatan, 11 kelurahan dan 178 desa, yaitu:

1. Kecamatan Tlanakan, terdiri dari 17 desa
2. Kecamatan Pademawu, terdiri dari 2 kelurahan dan 20 desa
3. Kecamatan Galis, terdiri dari 10 desa
4. Kecamatan Pamekasan, terdiri dari 9 kelurahan dan 9 desa
5. Kecamatan Proppo, terdiri dari 27 desa
6. Kecamatan Palengaan, terdiri dari 12 desa
7. Kecamatan Pegantenan, terdiri dari 13 desa
8. Kecamatan Larangan, terdiri dari 14 desa
9. Kecamatan Kadur, terdiri dari 10 desa
10. Kecamatan Pakong, terdiri dari 12 desa
11. Kecamatan Waru, terdiri dari 12 desa
12. Kecamatan Batumarmar, terdiri dari 13 desa
13. Kecamatan Pasean, terdiri dari 9 desa

Wilayah Kabupaten Pamekasan seluas 792,30 km². Secara garis besar terdiri dari dataran rendah pada bagian selatan dan dataran tinggi di wilayah tengah dan utara. Wilayah tertinggi yaitu Kecamatan Pegantenan yang berada pada ketinggian 312 meter dpl, sedangkan wilayah terendah yaitu Kecamatan Galis berada pada ketinggian 6 meter dpl.